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在e-Config工具中，IBM DS8800当选择“2-Way Processor Card”（#4301）时，只能配置一个主柜，不能增加扩展柜。默认选择#1246标准连接的光纤线缆,主柜中最多只支持9个磁盘组，每个磁盘组16块盘，共144块磁盘；如果选择#1250 Business Class连接的光纤线缆,主柜中最多支持15个磁盘组，共240块磁盘。

当选择“4-Way Processor Card”（#4302）时，最多可以配置三个扩展柜。此时主柜最多支持15个磁盘组，共240块磁盘，第1个扩展柜最多支持21个磁盘组，共336块磁盘。第2/3个扩展柜最多支持30个磁盘组，共480块磁盘。所以标准连接的光纤线缆使得DS8800最多可以支持1536块磁盘。

磁盘配置选项中以磁盘组为单位配置，1个磁盘组16块盘；半个磁盘组8块硬盘。IBM DS8800支持SAS盘，可加密SAS盘与固态盘三种类型。其中可加密SAS盘不能与其他非加密盘在DS8800混用。SSD只支持RAID 5，企业级SAS盘支持RAID 5，6，10，近线SAS支持RAID 6。DS8800同样支持CoD类型的磁盘，CoD硬盘为购买硬件但是不激活的。 DS8800支持的磁盘具体型号如下：

300 /400 GB SSD drive set 300 /400 GB SSD

3 TB/7200 RPM drive set 146/300 GB/15K RPM 450 /600/900GB/10K RPM 3 TB/7200 RPM drive set FDE 146 /300GB/15K RPM FDE 450 /600/900GB/10K RPM FDE 以上所有普通硬盘都有CoD的模式